SAI のレイヤーの合成モードで覆い焼きツールはないのですが、「発光」（旧「 加算 」）処理で同じ効果が得られます。実際に、SAI でPSDで保存すると、レイヤー「発光」 -> 「 覆い焼き（リニア） 」 に変更されて保存されます。
ただし、完全に“同じ効果”で変換できているわけではありません。実際に変換するとPhotoShop上では違うイメージになります。PhotoShop 6 以降の覆い焼きツールの仕様変更にひっかかってるポイです。※下図参考（ PhotoShop CS を使用 ）
瞳の白い部分が 「覆い焼きレイヤー」です。定番!?の効果ですね。
修正方法はPhotoShop 関連サイトで、PhotoShop 5 以前に戻す方法が述べられていますが、[レイヤー効果] -> [初期設定] ツリー -> [高度な設定] グループ ->[透明シェイプレイヤー] チェックボックスを OFF することにより、PhotoShop 5 以前のレイヤー効果になります。
上記図で左と右の絵が大体同じ効果が得られていると思います。
私も最初は覆い焼きが使えないと勘違いしてました。PhotoShop とのデータのやり取りは頻繁に行うので、修正されるとうれしいなぁ。